A história desenrola-se num mundo devastado pelo "vírus da gripe dos primatas", que quase levou à extinção da humanidade, enquanto os primatas, evoluídos para seres inteligentes superiores, ascenderam ao topo da cadeia alimentar. Nesta nova era, o tirânico líder dos primatas, Caesar (interpretado por Kevin Durand), ergue o primeiro império da história dos primatas sobre os escombros — o amanhecer de uma nova ordem mundial com a ascensão do "Planeta dos Primatas". A misteriosa aparição de uma jovem humana, Nova (Freya Allan), desperta a desconfiança de Caesar. Ela parece guardar um segredo crucial, não apenas para a sobrevivência da humanidade, mas capaz de abalar novamente os alicerces do "Planeta dos Primatas". Forçada a fugir, durante a perseguição pelo exército de Caesar, o destino de Nova cruza-se com o de um jovem primata, Noa (Owen Teague), desencadeando uma jornada repleta de aventuras.