Shinichi Kudo é um famoso detetive adolescente a nível nacional. Durante uma investigação sobre uma organização criminosa vestida de preto, foi descoberto por um dos membros, nocauteado e forçado a beber uma poção misteriosa que o transformou numa criança! Shinichi procurou o Dr. Agasa, que sempre o ajudava, e este criou para ele várias armas de espionagem sob medida. Para evitar retaliações da organização criminosa, Shinichi decidiu mudar de identidade e investigá-los em segredo, na esperança de obter um antídoto. Um dia, a namorada de Shinichi, Ran Mouri, foi à casa do Dr. Agasa à procura do paradeiro do namorado. Ao ser surpreendido por Ran, Shinichi, num impulso, inventou que se chamava Conan Edogawa e, posteriormente, Conan foi morar na casa de Ran. O pai de Ran, Kogoro Mouri, é um detetive privado, e Shinichi pôde acompanhá-lo em vários casos para investigar o paradeiro dos homens de preto. Na escola primária, Conan conheceu Ayumi e outras crianças, com quem formou uma equipa de detetives juvenis, desafiando os criminosos!