A história desenrola-se num futuro próximo, quando o nível do mar subiu rapidamente por razões desconhecidas, submergindo a maior parte da superfície terrestre. Homura Natsuo, um jovem que perdeu uma perna num acidente na infância, cansado da vida urbana, muda-se para uma pequena aldeia costeira. A herança que a sua avó, uma antiga geóloga marinha, lhe deixou consistia apenas num barco, num submarino e numa série de dívidas.