Há 14 anos, o despertar da forma suspeita de divindade do Evangelho Unidade causou o Terceiro Impacto, provocando uma mudança catastrófica sem precedentes no mundo. Posteriormente, Misato Katsuragi (voz de Kotono Mitsuishi) e outros antigos membros da NERV desertaram e fundaram a Wille, uma organização de resistência contra a SEELE e a NERV. A Wille incumbiu Asuka (voz de Yuko Miyamura) e Mari (voz de Maaya Sakamoto) de recuperarem o Evangelho Unidade e Shinji Ikari (voz de Megumi Ogata), que estavam selados na órbita satélite, mas com a proibição absoluta de Shinji pilotar o Evangelho Unidade. Sentindo a hostilidade ao seu redor, o inocente Shinji seguiu Rei Ayanami (voz de Megumi Hayashibara) a bordo do misteriosamente invasor Evangelho Mark.09, regressando à base da NERV, agora devastada. Lá, ele reencontrou inesperadamente a Rei, por quem tanto ansiara, e soube de seu pai que iria conhecer o belo jovem Kaworu Nagisa (voz de Akira Ishida).