Sem que as pessoas se apercebessem, um vírus desconhecido — os Bugsters — já se tinha espalhado pela sociedade. Para combater a propagação do vírus e evitar a extinção da humanidade, o governo estabeleceu secretamente o Centro de Resgate Computacional (CR) no Hospital Universitário de Santo Capital. No mundo dos jogos digitais, derrotem os vírus Bugsters dos jogos! Utilizando o Driver do Jogador e os cartridges desenvolvidos em conjunto com empresas de jogos, os médicos candidatos podem transformar-se em Kamen Riders! O jovem médico estagiário, Hojo Emu, tem o destino de se transformar em Kamen Rider Ex-Aid para proteger os pacientes dos Bugsters.