"Armadura Bio-Booster" é uma arma biológica avançada deixada na Terra por alienígenas que chegaram há dezenas de milhares de anos. O estudante comum do ensino secundário, Akira Takashiro, encontra por acaso a unidade Guyver, enquanto o seu colega mais velho, Makoto Fukamachi, obtém outra. Assim, tornam-se alvos da organização secreta Chronos. A partir daí, os dois enfrentam a perseguição dos Zoanoides, criaturas enviadas pela misteriosa organização Chronos. Gradualmente, os segredos relacionados com as origens da humanidade e o seu futuro começam a tornar-se mais claros...